Viele kirchliche Bibliotheken, sowohl der katholischen, als auch der evangelischen Konfession, verfügen in ihren Beständen über sehr viele Inkunabeln. Diese sind hier aufgelistet. Zur Vervollständigung sind auch Bibliotheken des deutschsprachigen Auslandes mit Inkunabeln aufgeführt.
(Die Zahlen am Anfang eines jeden Absatzes geben die Zahl der Inkunabeln an)
6 Altentreptow: Kirchenbibliothek St. Petri (Ev. Kirchengemeinde), Mühlenstr. 4 17087 Altentreptow
1 Amrum: St. Clemens-Kirchengemeinde / Archiv, Prästerstigh 3, 25946 Nebel
351 Annaberg-Buchholz: Bibliothek der St. Annengemeinde, Kleine Kirchgasse, 09456 Annaberg-Buchholz
91 Barth: Kirchenbibliothek der St. Marienkirche, Papenstr. 6, 18356 Barth
4 Berlin: Bibliothek der Französischen Kirche (Hugenottenkirche), Gendarmenmarkt, 10117 Berlin
15 Berlin: Zentralbibliothek der Evangelischen Kirche in Berlin-Brandenburg, (mit 11 Inkunabeln der St. Marienbibliothek, 3 der Nikolaibibliothek und 1 der Ev. Kirchengemeinde Wittbrietzen), Neu Grünstr. 19-22, 10179 Berlin
5 Bielefeld: Synodalbibliothek Bielefeld, c/o Bibliothek des Landeskirchenamtes, Altstädter Kirchplatz 3, 33602 Bielefeld
1 Bochum-Stiepel: Archiv der Evangelischen Kirchengemeinde
200 Brandenburg: Bibliothek des Domstiftsarchivs, (mit Inkunabeln der Bibliothek der Oberkirche Cottbus, der Bibliothek der St. Gotthardtkirche, Brandenburg, der Katharinenkirche, Brandenburg, der evangelischen Pfarrkirche Neuruppin, der Kirchenbibliothek Altlandsberg, Brandenburg), Burghof 11, 14776 Brandenburg / Havel
53 Braunschweig: Bibliothek des Predigerseminars, (mit 10 Inkunabeln derBibliothek der Evangelisch-Lutherischen, Stiftskirchengemeinde Bad Gandersheim), Schützenstr. 22, 38100 Braunschweig
1 Bretten: Melanchthonhaus Bretten, Melanchthonstr.1, 75015 Bretten
3 Darmstadt: Bibliotheca Schottensis; Zentralarchiv der Evangelischen Kirche in Hessen und Nassau, Ahastr. 5a, 64285 Darmstadt
11 Dessau: Bibliothek der Evangelischen Landeskirche Anhalts, Radegaster Str. 10, St. Pauluskirche in der Radegaster Str. (ohne Nr.), Postfach 1424, 06842 Dessau (Zahl der Inkunabeln nach Bänden gerechnet, Titel sind es mehr)
18 Döbeln: Kirchenbibliothek zu St. Nikolai, Kleine Kirchgasse 20, 04720 Döbeln
3 Dresden: Bibliothek des Evangelisch-Lutherischen Landeskirchenamtes Sachsens (mit 1 Inkunabel der Kirchenbibliothek Ponickau), Lukasstr. 6, 01069 Dresden
102 Ebstorf: Bibliothek des Klosters Ebstorf, Kirchplatz 10, 29574 Ebstorf (Anzahl gerechnet bis 1512
79 Emden: Johannes a Lasco Bibliothek der Großen Kirche zu Emden, Brückstr.110, 26725 Emden
110 Erfurt: Bibliothek des Geistlichen Ministeriums, Comthurgasse 8, 99084 Erfurt
18 Eßlingen: Kirchenbibliothek der Evangelischen Stadtkirche St. Dionys; Evangelisches Pfarramt der Stadtkirche St. Dionys, Augustinerstr. 12/1, 73728 Eßlingen
35 Flensburg: St. Nicolai-Kirchengemeinde / Bibliothek, als Depositum in der Landeszentralbibliothek Flensburg, Waitzstr. 5, 24937 Flensburg
30 Frankfurt (Oder): Bibliothek der St. Marienkirche, über: Gertraud-Marien-Kirchgemeinde, Gertraudenplatz 6, 15230 Frankfurt (Oder)
23 Freiberg: Klosterbibliothek St. Jakobi, Pfarramt St. Jakobi, Dresdner Str.9, Ephoralarchiv, Untermarkt 1, 09599 Freiberg
23 Freital: Pfarrbibliothek der Lutherkirche zu Freital-Döhlen, Lutherstr. 33, 01705 Freital
1 Friedberg: Bibliothek des Theologischen Seminars, Kaiserstr. 2, 61169 Friedberg
43 Friedland: Kirchenbibliothek an St. Marien, Mühlenstr. 89, 17098 Friedland
1 Fürstenwalde: Dombibliothek St. Marien, Domplatz 6, 15517 Fürstenwalde
3 Görlitz: Bibliothek der Ev. Kirchengemeinde St. Peter und Paul, Bei der Peterskirche 9, 02826 Görlitz
116 Goslar: Marktkirchenbibliothek, Gemeindehof 8, 38640 Goslar
3 Greifendorf: Kirchenbibliothek (ev.), Döbelner Str. 11, 09661 Greifendorf
268 Greifswald: Bibliothek des Geistlichen Ministeriums, (ehemalige Bibliothek der Nikolaikirche) Landeskirchliche Bibliothek der Pommerschen Evangelischen Kirche, Bahnhofstr.35/36, 17489 Greifswald
1 Großröhrsdorf (Kr. Bischofswerda): Kirchenbibliothek, Kirchstr. 10, 01900 Großröhrsdorf
565 Halle: Marienbibliothek Halle, mit Depositalbibliothek St. Ulrich, Sangerhausen, An der Marienkirche 1-3, 06108 Halle
1 Hamburg: Bibliothek der Dreifaltigkeitsgemeinde, Hamburg-Harburg, Als Depositum im Hamburger Museum für Archäologie und die Geschichte Harburgs Museumsplatz 2, 21073 Hamburg
2 Hamburg: Nordelbische Kirchenbibliothek, Grindelallee 7, 20146 Hamburg
73 Herborn: Bibliothek des Theologischen Seminars der Evangelischen Kirche in Hessen und Nassau, Kirchberg 11, 35745 Herborn
2 Herrnhut: Unitätsarchiv, Postfach 21, 02745 Herrnhut
16 Hildesheim: Predigerseminar St. Michael, Klosterstr. 8, 31134 Hildesheim
10 Hof (Saale): Kirchenbibliothek, Dekanatsarchiv, Maxplatz 5, 95028 Hof
1 Hofgeismar: Bibliothek des Predigerseminars der Evangelischen Kirche von Kurhessen-Waldeck, Gesundbrunnen 10, 34369 Hofgeismar
16 Hungen: Pfarrbibliothek, Neugasse 5, 35410 Hungen
2 Husum: Kirchengemeinde St. Marien; Theodor-Storm-Str. 6, 25813 Husum (verschollen)
7 Iserlohn: Varnhagensche Bibliothek, Archiv der evangelischen Kirchgemeinde Iserlohn, Martin-Luther-Kingstr. 41, 58638 Iserlohn
158 Isny: Bibliothek der Evangelischen St. Nikolai-Kirche, Weißlandstr. 21, 88316 Isny
1 Itzehoe: Kreiskirchenverwaltung Münsterdorf, Breitenberger Predigerbibliothek, Heinrichstr. 1, 25524 Itzehoe
1 Karslruhe: Landeskirchliche Bibliothek, Blumenstr. 1, 76133 Karlsruhe
19 Kaufbeuren: Bibliothek der Dreifaltigkeitskirche (Bismarckstr. 7), Evangelisch-Lutherisches Pfarramt, Ludwigstr. 31, 87600 Kaufbeuren
95 Kempten: Bibliothek der St. Mangkirche (ev.-luth.), St. Mangplatz 6, 87435 Kempten (Allgäu)
1 Kitzingen: Kirchenbibliothek, Paul-Eber-Bibliothek, 97318 Kitzingen
Klosterneuendorf: Pfarrbibliothek, Klosterpforte 3, 39638 Kloster Neuendorf
1 Köln: Evangelische Bibliothek Köln, Kartäusergasse 9, 50678 Köln
einige Köthen: Kirchenbibliothek St. Jakob, (Fürstenchor der St. Jakob Kirche), Hallesche Str. 15a, 06366 Köthen (Angabe: "eine ganze Reihe")
1 Landau (Pfalz): Senioratsbibliothek des Protestantischen Kirchenbezirks, Westring 3, 76829 Landau (Pfalz)
16 Leisnig: Ephoral- und Pfarramtsbibliothek St. Matthäi, Kirchplatz 4 (Pfarramt St. Matthäi), 04703 Leisnig
21 Lich: Bibliothek der evang. Marienstiftsgemeinde, Fröbelstr.4, 35423 Lich
Loccum s. Rehburg-Loccum
3 Maulbronn: Bibliothek des Evangelisch-theologischen Seminars, Klosterhof 12-17, 75433 Maulbronn
159 Michelstadt: Kirchenbibliothek, Nicolaus-Matz-Bibliothek, Stadtarchiv, 64720 Michelstadt
29 Mölln: Ev.-luth. Kirchengemeinde / Bibliothek, Jochim-Polleyn-Haus, 23879 Mölln
3 Neuendettelsau: Bibliothek der Augustana-Hochschule, Waldstr. 15, 91564 Neuendettelsau
197 Neustadt an der Aisch: Kirchenbibliothek, Schloßplatz 1, Postfach 1320, 91413 Neustadt an der Aisch
97 Nördlingen: Bibliothek der St. Georgskirche, Pfarrgasse 5, 86720 Nördlingen
400 Nürnberg: Bibliothek des Landeskirchlichen Archivs (mit 5 Inkunabeln der Pfarrbibliothek Kalbsteinberg, 1 Inkunabel der Kirchenbibliothek St. Moritz zu Coburg, 1 Inkunabel der Evangelisch-Lutherischen Stadtkirche zu Pappenheim und 6 Inkunabeln der Bibliothek der Stadtpfarrei St. Johannis zu Nürnberg), Veilhofstr.28, 90489 Nürnberg
27 Nürtingen: Turmbibliothek Nürtingen, Evangelisches Dekanat, Marktstr.19
2 Pegau: Bibliothek der St. Laurentiuskirche, Kirchplatz 6, 04523 Pegau
3 Perleberg: Kirchenbibliothek, 19348 Perleberg
34 Pirna: Kirchenbibliothek St. Marien, Kirchplatz 13, 01796 Pirna
5 Preetz (Holstein): Prediger-Bibliothek, 24211 Preetz
17 Ratzeburg: Domarchiv / Bibliothek, Domhof, 23909 Ratzeburg
59 Rehburg-Loccum: Klosterbibliothek, Kloster, 31547 Rehburg-Loccum
10 Rendsburg: Gudesche Bibliothek, Christophorushaus, Hindenburgstr. 26, 24768 Rendsburg
1 Rochlitz: Kirche zu St. Kunigunda, Mühlplatz 6, 09306 Rochlitz
1 Rötha: Bibliothek der Kirche zu St. Georg, Ev.-Luth. Kirche Rötha, Johann-Sebastian-Bach-Platz 11, 04571 Rötha
1 Röthenbach bei St. Wolfgang über Nürnberg: Pfarrbibliothek, 90552 Röthenbach
1 Rothenburg ob der Tauber: Konsistorial- und Ratsbibliothek, (verwaltet vom Stadtarchiv), 91541 Rothenburg o.d.T.
1 Schleswig: Nordelbisches Bibelzentrum, St. Johanniskloster, 24837 Schleswig
1 Schleswig: Schleswig-Holsteinische Bibelgesellschaft, Bibliothek, Norderdomstr. 6, 24837 Schleswig
131 Schwabach: Kirchenbibliothek, Martin-Luther-Platz 1, 91126 Schwabach
5 Speyer: Evangelische Kirche der Pfalz, Landeskirchenrat - Bibliothek, Domplatz 5, 67346 Speyer
6 Stuttgart: Bibliothek des Evangelischen Oberkirchenrates, Gänseheidestr.4, 70184 Stuttgart
40 Tübingen: Bibliothek des Evangelischen Stifts, Klosterberg 2, 72070 Tübingen
1 Uffenheim: Kapitelsbibliothek, Dekanatskapitel Uffenheim (ev.) Luitpoldstr. 3, 97215 Uffenheim
112 Wertheim: Kirchenbibliothek, Evangelisches Dekanat, Pfarrgasse 5, 97877 Wertheim
470 Wittenberg: Bibliothek des Evangelischen Predigerseminars, (mit den 230 Inkunabeln der Depositalbibliothek St. Blasii,Nordhausen), Collegienstr.54, 06886 Wittenberg
3 Wittstock: Kirchenbibliothek Wittstock, Kirchplatz 2, 16909 Wittstock, Dosse
5 Wunsiedel: Stadt- und Kirchenbibliothek, Marktplatz 6, 95632 Wunsiedel