Im Zweiten Weltkrieg waren große Bestände auch der kirchlichen Bibliotheken zerstört worden, die Gebäude hatten ebenfalls vielfach Schaden genommen. Wissenschaftliches Arbeiten war unter solchen Bedingungen nur schwer möglich. So wurde aus der Not der Nachkriegszeit der Gedanke geboren, "eine freie Gemeinschaft der Bibliotheken von nicht-staatlichen Hochschulen, Priesterseminarien, Abteien, Stiften und größeren Ordensstudien zur gemeinsamen Vertretung ihrer Interessen und zur Erleichterung und Förderung der wissenschaftlichen Arbeit" zu gründen. Die konstituierende Sitzung fand am 11. August 1947 in Frankfurt (St. Georgen) statt. Entscheidend für die weitere Entwicklung der neugegründeten Arbeitsgemeinschaft war die Tatsache, daß auch die Ordensbibliotheken für eine Mitarbeit gewonnen werden konnten, die bereits in den Jahren 1937-1941 die "Buchhilfe Deutscher Ordensbibliotheken" (BOB) betrieben hatten und diese Institution nach dem Krieg wiederbeleben wollten. Bereits im Vorfeld der Gründung der AKThB entschied sich die Konferenz der Ordensoberen für eine eingleisige Organisation des deutschen katholischen Bibliothekswesens in der AKThB.
Wie sehr die Gründung einer Bibliotheken-Arbeitsgemeinschaft im katholischen wissenschaftlichen Bereich ein Bedürfnis für die Bibliotheken war und den Vorstellungen der Bibliothekare entsprach, zeigt sich in der rapide wachsenden Mitgliederzahl der AKThB: Auf der ersten Jahrestagung ein Jahr nach der Gründung waren bereits 39 Bibliotheken vertreten, vier Jahre später, 1952, nahmen 52 Bibliotheken teil, 1972 gab es 92 und 1979 bereits 112 Mitgliedsbibliotheken, heute, 1999, zählt die AKThB 156 Mitglieder.
Aus der Geschichte der AKThB sind außerdem noch einige wichtige Stationen zu nennen: Im Jahre 1952 erschien das erste Heft des Mitteilungsblattes, das sich, ergänzt durch den seit 1978 erscheinenden Rundbrief des Vorsitzenden bis heute zum Kommunikationsorgan der Bibliotheken untereinander und zu einer angesehenen bibliothekarischen Fachzeitschrift entwickelt hat.
Im Jahre 1970 hat die Deutsche Bischofskonferenz die AKThB als die für ihren Zuständigkeitsbereich kompetente Stelle in Fragen des wissenschaftlichen Bibliothekswesens der katholischen Kirche anerkannt.
Die beiden Auflagen des "Handbuchs der katholisch-theologischen Bibliotheken" von Franz Rudolf Reichert 1972 und 1979 stellten das wissenschaftliche Bibliothekswesen der katholischen Kirche erstmalig in seiner ganzen Komplexität der Öffentlichkeit vor. Eine völlige Neubearbeitung von Franz Wenhardt erschien 1991 im Saur-Verlag München.
Erwähnt werden muß auch das 1982 verabschiedete und 1983 veröffentlichte "Memorandum" der AKThB. In dieser Denkschrift sollten die Voraussetzungen für die Funktionsfähigkeit einer Bibliothek durch sachgerechte Ausstattung dargestellt werden. Probleme, die fast alle kirchlichen Bibliotheken berühren, werden hier angesprochen und gegenüber der kirchlichen Öffentlichkeit verbalisiert. Bei den entscheidenden Gremien sollte das Bewußtsein für die Notwendigkeit eines funktionsfähigen Bibliothekswesens geschaffen werden.
Schließlich muß als entscheidender Vorstoß in die Zukunft die Jahrestagung 1988 in der Diözesan- und Dombibliothek Köln gesehen werden, auf der erstmals umfassend und mit konkretem Praxisbezug über Computereinsatz in kirchlichen Bibliotheken gesprochen und die Gründung einer EDV-Kommission beschlossen wurde. Seit dem Bestehen einer ähnlichen Kommission beim evangelischen Verband (VkwB) arbeiten AKThB und VkwB eng in einer Gemeinsamen EDV-Kommission zusammen
Nachdem also der EDV-Einsatz in den kirchlichen Bibliotheken nun einen Stand erreicht hat, der weitergehende Planungen erlaubt, ist seit 1994 der Kirchliche Verbundkatalog entstanden, eine zentrale Vorhaltung und Verfügbarmachung aller für die wissenschaftliche Theologie, die Pastoral und sonstige kirchliche Zwecke relevanter maschinenlesbarer Daten aus den Bibliotheken der evangelischen und katholischen Kirche. Damit soll sowohl eine effektive Steuerung des Leihverkehrs als auch eine Unterstützung der Bibliotheken bei der aktuellen und retrospektiven Katalogisierung erreicht werden. Im Herbst 1998 erschien die dritte Ausgabe, die auf CD-ROM zu erwerben ist. Ebenso steht eine Internet-Version des KiVK zur Verfügung.
Da sich der innerkirchliche Leihverkehr seit dem Bestehen des KiVK stark vermehrt hat, wurde im Jahr 1998 eine Gemeinsame Leihverkehrskommission (VkwB und AKThB), in der die Probleme einer Leihverkehrssteuerung diskutiert werden sollen.
Da insbesondere die Altbestände in den krichlichen Bibliotheken einen besonderen Wert darstellen, wurde 1995 eine ebenfalls von den beiden kirchlichen Bibliothekenverbänden eine Gemeinsame Altbestandskommission gebildet, die sich die Erfassung und Erschließung von Handschriften- und Inkunabelbeständen sowie Hilfestellung im Umgang mit alten Büchern für die Mitgliedsbibliotheken zur Aufgabe gemacht hat.